Podnebí v oblasti hlavního města Juneau a u jihovýchodního pevninského pásu je oceánské, resp. je zde také vlhká přímořská oblast mírného pásu, v severní části je subarktické oceánské klima. Rovněž se zde vyskytuje i oblast vysokohorského klimatu.

Polární oblast zahrnuje především oblasti za severním polárním kruhem, kde jsou dlouhé zimy a krátká a studená léta. Subpolární oblast pak zahrnuje především tundry, kdy půda v letních měsících rozmrzá do hloubky desítek cm (tzv. permafrost).
Jižní a jihovýchodní část Aljašky je pak ovlivněna Severopacifickým mořským proudem nazývaným Kuro-šio, který proudí směrem od Japonska k Aljašce. Ten způsobuje, že zde moře nezamrzá a zimy jsou relativně mírné, avšak léta jsou zde naopak chladnější nežli ve vnitrozemských oblastech.
Lokální klima také ovlivňují četné ledovce, kterých se zde nachází asi 100 000 (tj. téměř 5% povrchu Aljašky). Mezi největší ledovce patří: Malaspina Glacier, Hubbard Glacier, Bering, Black Rapids nebo třeba Canwell.

Na Aljašce byla také zaznamenána nejnižší teplota na severoamerickém kontinentu: -63 °C ve Snag u Alaska Highway (r. 1947).